Ο υπερυπολογιστής HPC5 της Eni για την καταπολέμηση του Coronavirus: το πιο πολύπλοκο πείραμα μοριακών υπερυπολογιστών που πραγματοποιήθηκε ποτέ στον κόσμο
Η υποδομή υπερυπολογιστών HPi της Eni ξεκίνησε το βράδυ της Παρασκευής 5 Νοεμβρίου το πιο περίπλοκο πείραμα μοριακών υπερυπολογιστών που πραγματοποιήθηκε ποτέ στον κόσμο για να εντοπίσει νέες θεραπείες κατά του ιού.
Το πείραμα, που πραγματοποιήθηκε στο Green Data Center της Eni στη Ferrera Erbognone, είναι μια προσομοίωση που κατέστησε δυνατή τη δοκιμή 70 δισεκατομμυρίων μορίων σε 15 "ενεργές τοποθεσίες" του ιού μέσω της επεξεργασίας χιλιάδων δισεκατομμυρίων αλληλεπιδράσεων σε μόλις 60 ώρες, ή 5 εκατομμύρια προσομοιώσεις ανά δευτερόλεπτο.
Το HPC5, ο ισχυρότερος βιομηχανικός υπερυπολογιστής στον κόσμο, είναι ένας από τους πόρους που αναπτύχθηκε αυθόρμητα από την Eni ως μέρος ενός ευρέος σχεδίου δράσης που εκπόνησε η εταιρεία για την καταπολέμηση της πανδημίας. Η πολύ υψηλή υπολογιστική ισχύς, που σχετίζεται με εσωτερικές δεξιότητες στον τομέα της μοριακής μοντελοποίησης, διατέθηκε στη δεύτερη φάση του ευρωπαϊκού έργου EXSCALATE4CoV, μιας κοινοπραξίας που δεσμεύτηκε να εντοπίσει τα ασφαλέστερα και πιο πολλά υποσχόμενα νέα φάρμακα στον αγώνα κατά του Coronavirus. Προβλέπεται μια επόμενη φάση πειραματισμού κατά την οποία θα εμβαθύνει η μελέτη σχετικά με την αποτελεσματικότητα των μορίων σε περίπτωση μετάλλαξης ιών.
Το έργο διευθύνεται από την ιταλική βιοφαρμακευτική εταιρεία Dompé η οποία, για το σκοπό αυτό, συγκεντρώνει δεκαοκτώ εταίρους από ιδρύματα και ερευνητικά κέντρα αριστείας από επτά ευρωπαϊκές χώρες, συμπεριλαμβανομένης της Cineca di Bologna.
Το πείραμα υπερυπολογιστών που διεξήχθη από το HPC5 πραγματοποιήθηκε επίσης με τη συνεργασία της μοριακής βιβλιοθήκης EXSCALATE4CoV, του υπερυπολογιστή Marconi100 της Cineca και του λογισμικού εικονικής διαλογής που επιταχύνθηκε από το Politecnico di Milano, και των αναλυτικών στοιχείων του SAS, και αντιπροσωπεύει τη δεύτερη φάση του έργου .
Το κύριο αποτέλεσμα της πρώτης φάσης στην οποία συμμετείχε το HPC5 ήταν η ταυτοποίηση του Raloxifene, ενός γνωστού μορίου που έχει αποδειχθεί ότι είναι αποτελεσματικό in vitro κατά του ιού SARS-CoV-2 στην εξουδετέρωση της αντιγραφής του στα κύτταρα. Στις 27 Οκτωβρίου 2020, η AIFA ενέκρινε την κλινική μελέτη στο νοσοκομείο Spallanzani της Ρώμης και το Humanitas στο Μιλάνο για να αξιολογήσει το Raloxifene ως πιθανή θεραπεία για Covid ασθενείς.