Miljoonat Japanin heräsi hälyttävän hallituksen viesti matkapuhelimissa ja sähköpostitse, kutsumalla heitä pysymään sisätiloissa ja etsiä suojaa, koska Pohjois-Korean ohjus lensi alueella. Sireenejä kuulosti kyse sijainti sijoitettu kehityskaari ballististen ohjusten joka lensi Japanin alueella kaksi minuuttia ennen putoamista mereen.
Muutama minuutti aiemmin hallitus oli lähettänyt matkapuhelimille tekstiviestin, joka varoitti kansalaisia laukaisusta: "Ohjaus käynnissä, ohjus käynnissä." Varoituksessa kehotettiin kansalaisia etsimään turvaa ja varoitettiin myös, että jos he löytävät epäilyttäviä esineitä, heidän ei tule lähestyä vaan kutsua poliisi tai palomiehet. Se oli ensimmäinen Pohjois-Korean ohjus, joka lensi Japanin alueen yli useita vuosia. "Se on vakava ja ennennäkemätön uhka", pääministeri sanoi. Shinzo Abe, ja "voi merkittävästi vaarantaa alueen rauhan ja vakauden".
Japani teki myös virallisen protestin Pyongyangia vastaan ja pyysi yhdessä Yhdysvaltojen kanssa YK: n turvallisuusneuvoston hätäkokousta. Käynnistyksen jälkeen Tokion hallitus piti kansallisen turvallisuusneuvoston kokouksen, kuten Seoulissa. Japanilaisten armeijan lähteiden mukaan ohjus voi olla välimatkan kantaja, jota Pyongyang käytti jo viime toukokuussa. Viimeinen ohjus laukaistiin Japanin taivaalla huhtikuussa 2009, kun Pyongyang laukaisi pitkän kantaman Taepodong-2-ohjuksen. Ohjus valmistui merellä 1180 kilometriä Japanista itään, lentäen 2700 kilometriä ja saavuttaen 550 kilometrin korkeuden: hallituksen edustajan mukaan se olisi hajonnut kolmeen osaan ennen kuin se olisi joutunut Tyynellemerelle. Tokiosta, Yoshihide Suga.
Japanin puolustusministeriö, ministeri Itsunori Onodera sanoi, ei antanut määräystä ohjuksen sieppaamisesta, koska sen mielestä ei ollut mahdollisuutta laskeutua Japanin maaperälle. Tokion puolustusministeriö on edelleen tekemisissä Pohjois-Korean ohjuksen, luultavasti Hwasong-12: n, lentorataa koskevien tutkimusten kanssa. Japani ja Yhdysvallat ovat sopineet lisäävänsä painetta Pyongyangiin vastaan Pohjois-Korean ohjusten ja ydinaseiden kehittämisohjelman suhteen. Sitoumus käytiin puhelinkeskustelussa Japanin pääministerin Shinzo Aben ja Yhdysvaltain presidentin Donald Trumpin välillä. Japanin pääministerin kannalta Pyongyangin viimeisin provokaatio osoittaa selvästi, että Pohjois-Korea ei ole valmis vuoropuheluun ja että painostusta on lisättävä. Yhdysvaltain presidentti, raportoi japanilainen uutistoimisto Kyodo, kertoi sitten Japanin pääministerille, että Washington on Tokion kanssa 100. Molemmat johtajat korostivat sitten Venäjän ja Kiinan osallistumisen tärkeyttä toteutettaviin toimenpiteisiin. ryhtyä Kim Jong-unin hallintoa vastaan.