Miliony Japończyków obudziło się z alarmującą wiadomością od rządu, na telefony komórkowe i pocztę elektroniczną, zachęcając ich do pozostania w domu i szukania schronienia, ponieważ nad terytorium leciał pocisk z Korei Północnej. Syreny rozbrzmiały we wszystkich miejscach umieszczonych na ścieżce pocisku balistycznego, który przelatywał nad terytorium Japonii przez dwie minuty, zanim wpadł do morza.
Kilka minut wcześniej rząd wysłał na telefony komórkowe wiadomość tekstową ostrzegającą obywateli przed startem: „Pocisk w toku, pocisk w toku”. Alert poprosił obywateli o szukanie schronienia, a także ostrzegł ich, że jeśli znajdą podejrzane przedmioty, nie powinni zbliżać się, ale wezwać policję lub strażaków. Był to pierwszy pocisk północnokoreański, który przeleciał nad terytorium Japonii od kilku lat. „To poważne i bezprecedensowe zagrożenie” - powiedział premier. Shinzo Abe i „może znacząco zagrozić pokojowi i stabilności w regionie”.
Japonia również złożyła formalny protest przeciwko Pjongjangowi i poprosiła wraz ze Stanami Zjednoczonymi o pilne posiedzenie Rady Bezpieczeństwa ONZ. Po premierze rząd Tokio zorganizował posiedzenie Rady Bezpieczeństwa Narodowego, podobnie jak w Seulu. Według źródeł japońskiej armii, pocisk ten mógłby być nośnikiem średniego zasięgu, który był już używany przez Pjongjang w maju zeszłego roku. Ostatni start rakiety nad niebem Japonii miał miejsce w kwietniu 2009 roku, kiedy Pjongjang wystrzelił pocisk dalekiego zasięgu Taepodong-2. Pocisk zakończył swój bieg na morzu 1180 kilometrów na wschód od Japonii, przeleciał 2700 kilometrów i osiągnął wysokość 550 kilometrów: według rzecznika rządu rozbiłby się na trzy części, zanim wylądowałby na Oceanie Spokojnym. z Tokio, Yoshihide Suga.
Minister Itsunori Onodera powiedział, że japońskie Ministerstwo Obrony nie wydało rozkazu przechwycenia pocisku, ponieważ uważa, że nie ma możliwości, aby wylądował na japońskiej ziemi. Dalsze badania trajektorii pocisku północnokoreańskiego, prawdopodobnie Hwasong-12, są nadal w toku przez Ministerstwo Obrony Tokio. Japonia i Stany Zjednoczone zgodziły się zwiększyć presję na Pjongjang przeciwko północnokoreańskim programom rozwoju rakiet i broni jądrowej. Zobowiązanie było tematem rozmowy telefonicznej między premierem Japonii Shinzo Abe a prezydentem Stanów Zjednoczonych Donaldem Trumpem. Dla premiera Japonii ostatnia prowokacja Pjongjangu jasno pokazuje, że Korea Północna nie jest gotowa do dialogu i należy zwiększyć presję. Prezydent Stanów Zjednoczonych, jak donosi japońska agencja informacyjna Kyodo, powiedział następnie japońskiemu premierowi, że Waszyngton jest w Tokio na 100. Obaj przywódcy podkreślili wówczas znaczenie zaangażowania Rosji i Chin w podejmowane działania. przeciwstawić się reżimowi Kim Jong-un.