Пентагон такође годинама ради на мистериозном програму за проучавање виђења НЛО-а како би трошио 22 милиона долара годишње од 2008. до 2011. Напредни програм за идентификацију претњи у ваздухопловству, такозвани напредни програм за идентификацију ваздухопловних претњи, водио је обавештајни официр , Луис Елизондо, који је поднео оставку 4. октобра због недостатка подршке. Гласноговорник Пентагона новинама је потврдио постојање програма, али је уверио да је угашен 2012. године, иако су неки извори известили да се истраге ових виђења настављају (у основи би завршило са примањем средстава 2012. године, али од тада наставио да ради са војском и мушкарци из ЦИА). Програм је радио у координацији са компанијом коју је предводио милијардер Роберт Бигелов, Бигелов Аероспаце, са објектима у граду Лас Вегасу. Већина су били уговори потписани са компанијом Бигелов Аероспаце, која је заузврат предала истрагу другим стручњацима. Програм је анализирао видео и звучне снимке виђења, у случајевима који обично нису обелодањени и у којима су учествовали пилоти ваздухопловства Сједињених Држава. Међу њима и виђење овалног предмета, величине комерцијалног авиона, од стране два војна авиона 2004. године у близини обале града Сан Диего (Калифорнија), случај о којем је Пентагон говорио августа. Један од главних промотера програма био је бивши демократски сенатор Харри Реид, пријатељ Бигелова, који је одувек био заинтересован за тај феномен. Астрофизичарка Сара Сеагер рекла је новинама да чињеница да детаљи ових неидентификованих објеката нису познати не значи да потичу са друге планете или друге галаксије.
