Natatakot pa rin si Erdogan sa maliliit na bulsa ng mga traydor sa loob ng kanyang hukbo at nagpasyang baguhin ang lahat ng mga pinuno ng militar, maliban sa Chief of Staff na si Hulusi Akar. Isang pagbabago na hindi ganap na hindi inaasahan sa konteksto ng mga paglilinis na inilunsad sa hukbo matapos ang tangkang coup ng Hulyo 15, 2016, ngunit na nakapagpreserba ng ilang mahahalagang sorpresa. Ipinapahiwatig na ang mga alalahanin ni Ankara tungkol sa hinihinalang coup military ay hindi pa nauubusan at ang muling pagbubuo ng hukbong Turkish at sistemang militar ay magpapatuloy na hindi matatapos. Ang pagpapasya ng pagbabago ay ginawa kahapon sa pagpupulong ng Supreme Military Council (Yas), ngunit napag-usapan na noong Martes, sa isang pagpupulong sa pagitan ni Pangulong Recep Tayyip Erdogan, Punong Ministro Binali Yildirim, Ministro para sa Pambansang Depensa na si Nurettin Canikli at Chief of Staff na Hulusi Akar. Ang huli ay ang isa lamang na pinapayagan na tapusin ang utos, na inaasahang magtatapos sa 2019. Ang tatlong kumander ng Army, Navy at Air Force, na ayon kina Heneral Salih Zeki Colak, Heneral Abidin Ünal at Admiral Bülent kertanoglu ay nagretiro na. Sa kanilang pwesto ay hinirang sina Generals Yasar Güler (Army), Hasan Küçükayüz (Air Force) at Vice Admiral Adnan Ozbal (Navy). Ang isang pangunahing aspeto ng mga tipanan, tulad ng binanggit ng analyst na si Abdulkadir Selvi, ay ilang animnapung mga kolonel ang na-promosyon sa mga heneral at admirals. Isang solusyon upang bahagyang punan ang walang bisa na nilikha sa mga posisyon ng utos ng hukbo gamit ang pagpapatalsik kasunod ng tangkang coup: 150 heneral at admirals, habang hanggang ngayon ay humigit-kumulang na 8000 sundalo ang napatalsik mula sa Army. Gayunpaman, habang nagpapatuloy ang mga paglilinis sa isang banda, ang ilang mga pagbabago sa batas na ginawa ng pamahalaan ng Ankara matapos ideklara ang giyera sa kilusan ni Gülen noong 2013 ay nagha-highlight ng isang malakas na kontradiksyon sa pagitan ng mga hangarin ng executive ng Turkey. Tulad ng binanggit ng mamamahayag ng Cumhuriyet na si Cigdem Toker, na ipinagpatuloy ang pagsasaliksik ng investigative reporter na si Ahmet Sik - sa bilangguan mula noong Disyembre 2016 sa mga singil ng "propaganda ng terorista" - ilang batas na ipinatupad noong 2014, 2015 at Hunyo 2016 (isang buwan lamang bago ang ng tangkang coup) ng pamahalaan ay pinamamahalaang upang mapabilis ang pagreretiro ng mga sundalo ng mas matandang henerasyon, na nagpapabilis sa ranggo ng mga sundalo na sumali sa hukbo pagkatapos ng 1988. Ang isa sa mga pangunahing sorpresa sa mga promosyon ay tungkol sa pigura ng bagong kumander ng navy, si Bise Admiral Adnan Ozbal. Ang opisyal ay sa katunayan natanggap ang takdang-aralin sa kabila ng harapan niya mayroong 4 iba pang mga nakatatandang militar, ang una sa kung saan si Admiral Veysel Kosele. Hindi pa malinaw kung maitataguyod si Vice Admiral Ozbal bago tumagal sa kanyang bagong puwesto sa Agosto 30. Ang totoo, ang kakulangan ng pagsunod ng mga hierarchy ng militar na umusbong mula sa kanyang appointment, ay nagha-highlight ng isang tiyak na pag-aalala ng gobyerno hinggil sa navy. Ang sangkap na ito ng hukbo ay sa katunayan kabilang sa mga pinaka apektado ng impluwensya ng paggalaw ni Fethullah Gülen, dating kakampi ni Ankara na ngayon ay inaakusahan niya bilang inhenyero ng coup. Si Admiral Kosele, na ayon sa hierarchy ng militar ay dapat na umako sa utos ng navy kapalit ng Ozbal, ay hindi makatarungan na naaresto at sumailalim din sa mga pagsubok na pagkatapos ay bumagsak dahil sa hindi pagkakapare-pareho ng ebidensya. Ang mamamahayag na si Deniz Zeyrek, sa mga pahina ng pahayagan na Hurriyet, ay nagpapaalam na ang kabiguan na italaga si Kosele ay nakasalalay sa katotohanan na "bagaman ang kumander ay biktima ng FETO (acronym para sa Terrorist Organization na naka-link kay Fethullah) hindi siya naging mahusay sa paglaban sa 'samahan ". Bukod dito, idinagdag Zeyrek, lilitaw na ang Admiral ay nakatanggap ng "isang listahan na may mga pangalan ng mga opisyal na malapit sa FETO" ngunit hindi nagawang kumilos nang mahusay sa bagay na ito. Si Ozbal, sa kabilang banda, ay gagantimpalaan ng mahahalagang papel na inako niya noong gabi ng nabigong coup at ngayon ay lubos siyang maaasahan "para sa laban na gagawin laban sa FETO". Ang kahusayan sa pakikibaka sa PKK (Kurdistan Workers 'Party) ay tila naging isa rin sa mga pamantayan na gumabay sa mga bagong tipanan at promosyon sa hukbo. Marami sa mga itinaguyod na opisyal ay partikular na aktibo sa mga pag-aaway sa armadong kilusan ng Kurdish. Nalalapat din ang parehong pamantayan sa Heneral Yasar Güler, na na-promosyon mula sa kumander ng mga puwersa ng gendarmerie hanggang kumander ng Army. Sa gabi ng coup, si Güler ay inagaw ng mga coup coup kasama ang chief of staff at kilala na may mga posisyon na katulad sa gobyerno ng Turkey, lalo na sa Syria.
Larawan Ang Araw-araw na Katotohanan