Ang Pentagon ay nagtatrabaho rin ng maraming taon sa isang mahiwagang programa upang pag-aralan ang mga nakikita ng UFO upang gumastos ng $ 22 milyon sa isang taon mula 2008 hanggang 2011. Ang Advanced Aviation Threat Identification Program, ang tinaguriang Advanced Aerospace Threat Identification Program ay na pinangunahan ng isang intelligence officer, si Luis Elizondo, na nagbitiw noong Oktubre 4 dahil sa kawalan ng suporta. Kinumpirma ng isang tagapagsalita ng Pentagon ang pagkakaroon ng programa sa pahayagan, ngunit tiniyak na ito ay isinara noong 2012, bagaman ang ilang mga mapagkukunan ay nag-ulat na ang mga pagsisiyasat sa mga nakikitang ito ay nakikita (mahalagang tapos na itong makatanggap ng mga pondo noong 2012, ngunit mula sa nagpatuloy siyang nagtatrabaho kasama ang mga militar at kalalakihang CIA). Ang programa ay nagtrabaho sa koordinasyon sa isang kumpanya na pinamunuan ng bilyonaryong si Robert Bigelow, Bigelow Aerospace, na may mga pasilidad sa lungsod ng Las Vegas. Karamihan ay mga kontrata na pinirmahan kasama ang Bigelow Aerospace, na kung saan ay binago din ng kontrata ang pagsisiyasat sa iba pang mga dalubhasa. Sinuri ng programa ang mga recording ng video at tunog ng mga nakikita, sa mga kaso na karaniwang hindi isiniwalat at kasangkot ang mga piloto ng Air Force ng Estados Unidos. Kabilang sa mga ito, ang pagkakaroon ng isang hugis-itlog na bagay, ang laki ng isang sasakyang panghimpapawid na pang-komersyo, ng dalawang sasakyang panghimpapawid ng militar noong 2004 malapit sa baybayin ng lungsod ng San Diego (California), isang kaso na pinag-usapan ng Pentagon noong nakaraang Agosto. Ang isa sa pangunahing tagapagtaguyod ng programa ay ang dating Demokratikong Senador na si Harry Reid, isang kaibigan ni Bigelow, na palaging interesado sa hindi pangkaraniwang bagay. Sinabi ng Astrophysicist na si Sara Seager sa pahayagan na ang katotohanan na ang mga detalye ng hindi kilalang mga bagay na ito ay hindi alam ay hindi nangangahulugang nagmula sa ibang planeta o ibang kalawakan.
