El Pentágono también ha estado trabajando durante años en un programa misterioso para estudiar avistamientos de ovnis para gastar $ 22 millones al año de 2008 a 2011. El Programa de Identificación de Amenazas de Aviación Avanzada, el llamado Programa de Identificación de Amenazas Aeroespaciales Avanzadas fue dirigido por un oficial de inteligencia, Luis Elizondo, quien renunció el 4 de octubre por falta de apoyo. Un portavoz del Pentágono confirmó al diario la existencia del programa, pero aseguró que se cerró en 2012, aunque algunas fuentes informaron que continúan las investigaciones sobre estos avistamientos (esencialmente habría terminado de recibir fondos en 2012, pero de luego continuó trabajando con militares y hombres de la CIA). El programa trabajó en coordinación con una empresa liderada por el multimillonario Robert Bigelow, Bigelow Aerospace, con instalaciones en la ciudad de Las Vegas. La mayoría fueron contratos firmados con Bigelow Aerospace, que a su vez subcontrató la investigación a otros expertos. El programa analizó grabaciones de video y sonido de los avistamientos, en casos que no solían ser divulgados e involucraban a pilotos de la Fuerza Aérea de Estados Unidos. Entre ellos, el avistamiento de un objeto ovalado, del tamaño de un avión comercial, por dos aviones militares en 2004 cerca de la costa de la ciudad de San Diego (California), caso del que habló el Pentágono en agosto pasado. Uno de los principales impulsores del programa fue el exsenador demócrata Harry Reid, amigo de Bigelow, quien siempre se ha interesado por el fenómeno. La astrofísica Sara Seager dijo al diario que el hecho de que no se conozcan los detalles de estos objetos no identificados no significa que provengan de otro planeta u otra galaxia.
