Pentagon on aastaid töötanud ka salapärase UFO-vaatluste uurimise programmi kallal, et ajavahemikul 22–2008 kulutada aastas 2011 miljonit dollarit. Täiustatud lennunduse ohtude tuvastamise programm, nn täiustatud lennunduse ohu tuvastamise programm, oli luureametniku Luis Elizondo juhtimisel, kes 4. oktoobril toetuse puudumise tõttu tagasi astus. Pentagoni pressiesindaja kinnitas ajalehele programmi olemasolu, kuid kinnitas, et see suleti 2012. aastal, ehkki mõned allikad on teatanud, et nende vaatluste uurimine jätkub (sisuliselt oleks ta lõpetanud raha saamise 2012. aastal, kuid alates seejärel jätkas ta tööd sõjaväe ja CIA meestega). Programm töötas koos miljardär Robert Bigelowi juhitud ettevõttega Bigelow Aerospace, mille rajatised asuvad Las Vegase linnas. Enamik neist olid lepingud sõlmitud ettevõttega Bigelow Aerospace, mis omakorda andis uurimise allhanke korras teistele ekspertidele. Programm analüüsis vaatluste video- ja helisalvestisi juhtumites, mida tavaliselt ei avalikustatud ja milles osalesid Ameerika Ühendriikide õhujõudude piloodid. Nende hulgas kahe kommertslennuki suuruse ovaalse eseme nägemine 2004. aastal kahe sõjalennuki poolt San Diego (California) linna ranniku lähedal - juhtum, millest Pentagon rääkis mullu augustis. Programmi üks peamisi edendajaid oli endine demokraatlik senaator Harry Reid, Bigelowi sõber, keda see nähtus on alati huvitanud. Astrofüüsikud Sara Seager ütles ajalehele, et asjaolu, et nende tundmatute objektide üksikasjad pole teada, ei tähenda, et nad oleksid pärit mõnelt teiselt planeedilt või teiselt galaktikalt.
